病毒来源沙特阿拉伯西南部的一个废弃村一间设下捕蝙蝠陷阱的屋子里庄，大批科学家在此设置陷阱抓蝙蝠研究新型MERS病毒，意图找出MERS病毒在环境中的传染源。

2012年10月，一组来自沙特卫生部、哥伦比亚大学（Columbia University）和生态健康联盟的科学家，开始在报告出现MERS病例的沙特城镇附近进行搜寻，在西南部一座据说有数百年历史的被遗弃村庄，科学家发现了要找的东西。一间栖息着大约500只蝙蝠的小屋。科学家们在夜里检查蝙蝠是否携带MERS病毒。蝙蝠在经过检测后会被放走。检查一只蝙蝠大约需要15分钟，对其称一只在沙特某偏远沙特村庄抓到的蝙蝠重并测量，擦下一些唾液和粪便样本，再收集一些血液和翅膀上的一小块皮肤，从而进行DNA检测来确定其物种。这些标本被冷冻起来，并送到W·伊恩·利普金博士（W. Ian Lipkin）的实验室。

该小组还检测了骆驼、山羊、绵羊和猫，这些动物可能作为中间宿主，从蝙蝠身上感染病毒后传染给人。怀疑骆驼的一个原因是，一名来自阿联酋的MERS患者，在患病前曾在一头患病的骆驼身边待过。但那头骆驼并未接受检测。已经有数百只蝙蝠经过了检测，但结果还未公布。